Puerto Moral fue aldea de Aracena hasta el año 1818, cuando Fernando VII concedió el privilegio de villazgo a la actual localidad, tras un largo y convulso proceso.
El hito más importante del siglo XX en Puerto Moral fue la construcción de un embalse en su término municipal, que fue inaugurado en julio de 1972 por el ministro de Obras Públicas, Gonzalo Fernández de la Mora.
La construcción de dicho embalse supuso un aumento demográfico en una época en la que el resto de la comarca vivía un considerable descenso de población.