La ciudad de Huelva se ha inundado un total de 28 veces a lo largo del siglo XX

Existen varios municipios ribereños (Gibraleón, Niebla, San Juan del Puerto, Moguer y Palos de la Frontera), además de la capital (Huelva), que poseen zonas de riesgo de inundación o lo son en su totalidad. Este hecho ha provocado que, en un estudio realizado por Juan Antonio Morales, doctor en Geología y catedrático de la Universidad de Huelva, sobre los archivos de prensa local, se hayan identificado, al menos 55 periodos de inundación, que han afectado a uno o varios de estos municipios a lo largo del siglo XX, de los cuales 13 han estado directamente relacionados con la actividad fluvial, y 18 con la conjunción entre fenómenos fluviales, marinos y meteorológicos. De estas inundaciones, 28 han afectado directamente a la capital.

Se han producido inundaciones en los años 1904, 1912, 1919, 1926, 1927, 1945,1948, 1957, 1962, 1968, 1970, 1972, 1977, 1982, 1983, 1987, 1988, 1996, 1998, 2000, 2003 y 2004, localizadas principalmente en los meses de octubre a febrero, siendo el mes de noviembre el que concentra más casos de inundación.

Registros similares han sido obtenidos en el curso bajo del Río Guadiana. En el caso de Gibraleón, situado en la confluencia entre el río Odiel y su estuario, las crecidas del Odiel han afectado históricamente a la zona más baja del pueblo hasta la cota máxima de 5,63 metros alcanzada el 19 de noviembre de 1989. Estas áreas fueron protegidas por un levee en 1990. En el caso de Niebla, en una situación similar respecto al río Tinto, ocurre algo muy parecido, aunque son menos las áreas urbanas afectadas debido a la configuración orográfica del pueblo y a que el régimen del río Tinto es menos caudaloso.

Inundaciones ligadas a mareas equinocciales y meteorológicas

Durante el paso de borrascas atlánticas el descenso de la presión atmosférica, unido a los vientos de componente sur, pueden elevar el nivel marino en la Costa de Huelva hasta un metro por encima de la pleamar correspondiente. La coincidencia de mareas astronómicas con momentos de pleamares vivas produce elevaciones excepcionales del nivel marino, por ejemplo, el día 20 de octubre de 2003 las condiciones astronómicas subieron el nivel del mar 0,69 metros por encima de una pleamar de coeficiente 108, llevando el nivel del agua hasta la cota de 2,5 m. por encima del nivel medio del mar sin la presencia de precipitaciones importantes.

Esta ha sido la principal causa de las inundaciones que han ocurrido en municipios como Punta Umbría o Mazagón, de tal modo que en las zonas frontales las construcciones de primera línea han sido atacadas por el oleaje y en las zonas localizadas tras el sistema de dunas la red de alcantarillado no ha sido capaz de evacuar el agua de las precipitaciones, incluso en ocasiones se ha producido flujo inverso y las bocas del alcantarillado han empezado a manar agua que entraba desde los efluentes marinos.